Pada zaman dulu, di masa akhir pemerintahan Kerajaan Mataram pada abad 16 Masehi, terjadi pergolakan politik di dalam internal kerajaan Mataram. Hal ini menyebabkan banyak terjadinya pemberontakan di sana-sini. Oleh karena itu, banyak penduduk yang mengungsi dan banyak pula para prajurit yang melarikan diri. Adapun salah satu dari punggawa kerajaan tersebut adalah EYANG KEMBANG JOYO KUSUMO. Kemudian beliau mendirikan sebuah padepokan yang sangat terkenal, yaitu Padepokan JOYO KUSUMO. Itulah awal mula sebutan Desa Sekar, yang mana diambil dari salah satu pendiri padepokan yaitu EYANG KEMBANG yang dapat diartikan pula EYANG SEKAR (Kata sekar dalam bahasa Kawi/Jawa Kuna dan Bali memiliki padan kata seperti bunga, kembang, kusuma, puspa.)

Dari situlah cikal bakal Desa Sekar terjadi. Padepokan tersebut semakin berkembang pesat dan mulai terbentuklah kelompok-kelompok para cantrek Padepokan Joyo Kusumo. Adapun mereka terbentuk menjadi lima kelompok, di antaranya yaitu kelompok yang mengatasnamakan Kelompok Grenjengan (Dusun Grenjengan), Kelompok Kalipapak (Dusun Kalipapak), Kelompok Kedungnongko (Dusun Kedungnongko), Kelompok Gendongan ( Dusun Gendongan), dan yang berada di pusat padepokan terkenal dengan sebutan Dusun Krajan.

Begitulah sekilas pandang tentang asal muasal Desa Sekar. Namun masih ada beberapa cerita lain yang mengisahkan terbentuknya Desa SEKAR.

Berikut ini daftar nama-nama kepala desa sekar yang tercatat pernah menjabat: